Des virus proches du SARS-CoV‑2 identifiés chez des chauves-souris

Ce pourrait être une « avancée majeure » dans la recherche des origines de la COVID-19 : des chercheurs de l’Institut Pasteur ont identifié, dans le nord du Laos, des virus proches du SARS-CoV‑2 chez des chauves-souris, capables d’infecter l’homme.

Les conclusions de ces travaux, en libre accès depuis peu sur la plateforme scientifique « Research Square », doivent encore faire l’objet d’une évaluation par les pairs en vue d’une publication dans une revue scientifique.

Afin de mieux comprendre l’évolution du SARS-CoV-2 et ses origines, qui font l’objet depuis des mois d’intenses spéculations, des chercheurs de l’Institut Pasteur à Paris, de l’Institut Pasteur du Laos et de l’Université nationale du Laos ont mené, fin 2020 et début 2021, une mission de terrain au nord du pays auprès de différentes espèces de chauves-souris vivant dans des grottes calcaires.

« L’idée de départ était d’essayer d’identifier l’origine de cette épidémie », explique Marc Eloit, responsable du laboratoire « découverte de pathogènes » à l’Institut Pasteur à Paris, dont les équipes ont analysé les différents prélèvements collectés. « Pour différentes raisons qui s’accumulent, on suspecte que certaines chauves-souris insectivores pourraient être le réservoir du virus. »

Les prélèvements ont eu lieu dans une région faisant partie d’un immense relief karstique, des formations géologiques principalement constituées de calcaire, qui englobe aussi le nord du Vietnam et le sud de la Chine.

« Le Laos partage ce territoire commun avec le sud de la Chine, rempli de cavités où vivent des chauves-souris, d’où l’idée d’aller là-bas », poursuit Marc Eloit. Car ce qui s’y passe est représentatif de cet écosystème.

Conclusions des analyses de l’Institut Pasteur : les séquences des virus trouvés chez les chauves-souris sont quasi identiques à celles du SARS-CoV-2, et les chercheurs ont pu démontrer leur capacité à permettre aux virus de rentrer dans les cellules humaines.

Pour autant, les virus étudiés étaient dépourvus du « site furine » présent chez le SARS-CoV-2, une fonction qui rend active la protéine dite Spike en permettant au virus de mieux entrer dans les cellules humaines et dont l’existence conditionne le pouvoir pathogène du virus.

Plusieurs hypothèses pourraient expliquer ce lien manquant, avance Marc Eloit. « Peut-être qu’un virus non pathogène a d’abord circulé chez l’homme avant de muter », souligne-t-il par exemple. « Ou bien un virus très proche des virus identifiés possède ce site furine, mais nous ne l’avons pas encore trouvé. »

Autre interrogation : « comment le virus de chauve-souris trouvé dans des grottes est-il arrivé jusqu’à Wuhan », en Chine, le point de départ connu de la pandémie, à 2000 kilomètres de là ? Pas de réponse pour le moment.
 

Ce texte est tiré de notre infolettre « Le courrier du coronavirus » du 27 septembre 2021. Pour vous abonner, cliquez ici.


 



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