Quatre variants du SRAS-CoV-2 font l’objet d’une «surveillance rehaussée»

Sur cette image prise grâce à un microscope électronique à balayage, le SRAS-CoV-2, en jaune (fausse couleur) émerge à la surface de cellules cultivées en laboratoire.
Photo: NIAID-RML Sur cette image prise grâce à un microscope électronique à balayage, le SRAS-CoV-2, en jaune (fausse couleur) émerge à la surface de cellules cultivées en laboratoire.

L’arbre phylogénétique du SRAS-CoV-2 comporte tant de branches qu’on croirait une forêt. La plupart des variants ne sont toutefois pas dignes d’intérêt. Ils comportent des mutations qui ne changent rien au virus ni à la maladie qu’il provoque. D’autres, cependant, disposent d’avantages par rapport à leurs concurrents en matière de transmission. Leurs branches peuvent alors épaissir et devenir un nouveau tronc, d’où de nouveaux rameaux émergeront éventuellement.

Grâce au séquençage génétique, l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ) est capable de positionner précisément dans ce grand arbre les spécimens de virus récoltés chez des malades. L’organisme focalise actuellement son attention sur quatre lignées qui font l’objet d’une « surveillance rehaussée » en raison des « conséquences importantes » qu’elles pourraient avoir sur l’épidémie. Trois de ces variants sont bien connus (ceux qui ont émergé au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil), mais un autre l’est beaucoup moins.

Il s’agit du variant B.1.525, qui a d’abord été détecté au Nigéria. Deux mois après son émergence, il représentait 20 % des génomes séquencés dans ce pays. À ce jour, on en a seulement détecté deux occurrences au Québec, toutes deux dans la région de Montréal. Il circule également très peu au Canada, où seulement une poignée de cas ont été vus. Présent dans au moins 28 pays du monde, c’est dans la région de New York qu’il s’est d’abord manifesté, en décembre dernier, chez nos voisins du Sud.

Le variant B.1.525 partage quelques mutations avec les autres variants sous surveillance rehaussée. Comme c’est le cas pour les variants sud-africain et brésilien, la mutation E484K modifiant ses petits pics semble compliquer la tâche des anticorps qui tentent d’intercepter le virus. Le variant B.1.525 est par ailleurs caractérisé par la mutation Q677H, qui est recensée sur plusieurs lignées génétiques en circulation, mais dont l’effet n’est pas encore tout à fait clair.