Les variants connus du coronavirus sous la loupe

L’apparition de nouveaux variants préoccupe au Québec, c’est pourquoi le Laboratoire de santé publique du Québec effectue le séquençage d’échantillons sélectionnés au hasard parmi ceux qui ont été déclarés positifs.
Photo: Gil Cohen-Magen Agence France-Presse L’apparition de nouveaux variants préoccupe au Québec, c’est pourquoi le Laboratoire de santé publique du Québec effectue le séquençage d’échantillons sélectionnés au hasard parmi ceux qui ont été déclarés positifs.

En plus de ceux du Royaume-Uni, du Brésil et de l’Afrique du Sud, d’autres variants régionaux pourraient apparaître, dont au Québec.


 

Variant B.1.1.7 (Royaume-Uni)

 

Le variant B.1.1.7 n’est plus que britannique. En janvier, sa prévalence doublait chaque semaine au Danemark. Et pourtant, le pays vivait sous le coup d’un confinement sévère : les écoles et les restaurants étaient fermés, les rassemblements étaient limités à cinq personnes. Et malgré tout, le variant resserrait son emprise sur le pays, comptant récemment pour 27 % des nouvelles infections. Sa croissance exponentielle a peut-être finalement fléchi, mais les Danois ne sont pas dupes : ce n’est qu’une question de temps avant qu’il ne conquière tout le pays.

On estime que le variant B.1.1.7, qui a d’abord émergé au Royaume-Uni l’automne dernier, est environ 50 % plus transmissible que la souche principale du SRAS-CoV-2. La mutation N501Y, qui modifie les petits pics du coronavirus, aide le pathogène à s’attacher plus fermement aux cellules humaines, ce qui facilite les infections. (« N501Y » signifie que l’asparagine en position 501 dans la séquence d’acides aminés est remplacée par une tyrosine.) Heureusement, ni cette mutation ni les 16 autres qu’on retrouve chez B.1.1.7 ne semblent réduire l’efficacité des vaccins actuels.

 

Si le variant B.1.1.7 cause surtout des dommages en contaminant un plus grand nombre de personnes, une étude indique tout de même qu’il serait aussi intrinsèquement 35 % plus mortel. Pour un homme de 70 à 84 ans qui contracte la COVID-19, par exemple, cela signifie que les risques d’en décéder passent de 5 % à près de 7 %.

 

Variant B.1.351 (Afrique du Sud) 

 

Le variant B.1.351 est celui qui alimente actuellement les plus vives craintes quant à l’efficacité des vaccins. Dimanche, le gouvernement d’Afrique du Sud annonçait d’ailleurs le report de sa campagne de vaccination, qui devait commencer la semaine prochaine, car une nouvelle étude démontrait que le vaccin d’AstraZeneca, qu’elle devait utiliser, offre une protection insatisfaisante (22 % contre les formes faibles ou modérées de la maladie) au sein de sa population, où circule abondamment le variant B.1.351.

Muni de 21 mutations dans son code génétique, le variant B.1.351 a été d’abord découvert en décembre, en Afrique du Sud. Une analyse rétrospective des échantillons gardés en banque révélait qu’il circulait dans certaines régions de ce pays depuis octobre. À la fin de l’année 2020, il était déjà dominant dans trois provinces sud-africaines. Depuis, il a été repéré dans plusieurs pays, dont le Canada, où on compte au moins 28 cas.

Deux de ses mutations clés (N501Y et K417N) aident les petits pics du coronavirus à s’attacher aux cellules humaines. En changeant la séquence d’acides aminés de la protéine du pic, ils modifient légèrement sa forme, ce qui renforce les liaisons intermoléculaires avec les récepteurs à la surface des cellules. La mutation E484K, qui touche également le spicule, complique pour sa part la tâche des anticorps qui tentent d’intercepter le virus.

C’est peut-être cette mutation qui réduit l’efficacité du vaccin d’AstraZeneca. Heureusement, d’autres vaccins ayant fait l’objet d’essais cliniques en Afrique du Sud ont généré des taux d’efficacité modestes, mais tout de même suffisants pour envisager leur utilisation dans une campagne de vaccination : 49 % pour Novavax, 57 % pour Johnson & Johnson. « C’est très improbable qu’un variant entraîne un effet absolu sur la fonction d’un vaccin », remarque Guillaume Poliquin, le directeur général intérimaire du Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada.

 

Variant P.1 (Brésil)

 

En décembre dernier, une nouvelle vague de COVID-19 déferla sur Manaus, une ville brésilienne de deux millions d’habitants aux portes de l’Amazonie. Une étude, fraîchement publiée dans Science, estimait pourtant que les trois quarts de la population avaient déjà contracté la maladie. Une certaine immunité de groupe aurait dû prévaloir, mais le virus reprenait pourtant ses droits, frappant encore plus fort qu’au printemps.

Des chercheurs brésiliens et britanniques se sont donc empressés de réaliser le séquençage génétique d’une poignée de patients de Manaus. Le 12 janvier, ils publiaient leurs résultats : parmi les 31 échantillons analysés, 42 % étaient imputables à un nouveau variant du SRAS-CoV-2, qu’ils nommaient P.1. Presque simultanément, un laboratoire japonais décelait le même variant chez quatre voyageurs revenant du Brésil.

Le variant P.1 possède 17 mutations par rapport à la souche principale du coronavirus responsable de la COVID-19. Il est un proche cousin du variant B.1.351, avec qui il partage plusieurs mutations préoccupantes, dont E484K.

 

Pour l’instant, on ne peut confirmer que la résurgence épidémique à Manaus soit causée par des réinfections à la COVID-19 rendues possibles par le nouveau variant. Il est par exemple imaginable que l’immunité des habitants de cette ville, fortement touchée en mai 2020, ait tout simplement commencé à s’affaiblir en raison du temps qui passe, soulignent des spécialistes dans The Lancet. Il est également possible qu’une plus grande transmissibilité du nouveau variant ait facilité sa propagation au quart de la population qui n’avait jamais été exposée au virus. Cependant, aucune étude ne confirme pour l’instant que le variant P.1 soit plus transmissible ou plus dangereux pour un individu qui le contracte.

Beaucoup de questions demeurent donc en suspens au sujet de ce variant qui pointe le nez aux États-Unis, en France, en Italie ou en Turquie grâce au concours de voyageurs. Au Canada, seul un cas attribuable à P.1 a été détecté, en Ontario.

 

Variant CAL.20C (Californie)

 

Quand le variant B.1.1.7 est passé sous les feux de la rampe, à la fin de l’année dernière, des laboratoires de par le monde ont rehaussé leurs efforts pour vérifier si des variants préoccupants circulaient sur leur territoire. À Los Angeles, des chercheurs ont ainsi constaté qu’un mutant local se multipliait rapidement.

Absent de la région en septembre, ce variant, baptisé CAL.20C, était en décembre responsable de 24 % des infections dans le sud de la Californie. En fouillant dans leur base de données, les chercheurs ont par ailleurs réalisé que ce variant avait été repéré à une occasion en juillet. Il comporte la mutation L452R, qui est connue pour résister à l’action des anticorps lors d’expériences en laboratoire.

« Le variant CAL.20C est quelque peu différent des trois autres variants principaux, explique Guillaume Poliquin. Les mutations de ce variant sont moins bien caractérisées. La question est ouverte pour ce qui est de savoir ce que cela signifie du point de vue de la transmission et de sa capacité à échapper au système immunitaire. »

Des analyses plus approfondies sont en cours sur le variant CAL.20C et on devrait en savoir plus « d’ici une semaine ou deux », indique M. Poliquin, qui suit étroitement les travaux de ses collègues américains. Chose certaine : la récente flambée de cas dans la région de Los Angeles — qui faisait littéralement déborder les hôpitaux dans le temps des Fêtes — coïncide avec la propagation du variant CAL.20C.

 

Un variant québécois ?

 

De nouveaux variants pourraient aussi émerger au Québec. C’est pour cette raison que le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) effectue le séquençage d’échantillons sélectionnés au hasard parmi ceux qui ont été déclarés positifs. « Nous procédons à un séquençage aléatoire afin de surveiller tout ce qui circule », précise Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique au LSPQ.

« Nous portons une attention particulière aux augmentations inhabituelles de certains variants. Nous surveillons également tous les variants qui présentent des mutations dans la protéine S [des spicules du virus] qui se lie aux récepteurs de nos cellules afin de les infecter, ainsi que dans la protéine N qui entoure l’ARN du virus. Nous avons également à l’œil des mutations qui, lorsqu’elles ont été induites expérimentalement en laboratoire, ont changé le comportement du virus », souligne-t-elle.

Le LSPQ guette donc tous les variants qui ont un comportement inhabituel. Plusieurs variants québécois sont sous le radar du LSPQ, dont notamment un qui ressemble à un variant observé en Australie. « Nous avons une longue liste de variants que nous surveillons de plus près, mais pour l’instant, ils ne sont pas source de préoccupation », affirme Mme Moreira.

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