La mutation du SRAS-CoV-2 en quatre questions

Selon le scientifique en chef du Royaume-Uni, Patrick Vallance, la nouvelle lignée du SRAS-CoV-2 serait 70 % plus transmissible que les souches qui prédominaient jusque-là.
Photo: Tolga Akmen Agence France-Presse Selon le scientifique en chef du Royaume-Uni, Patrick Vallance, la nouvelle lignée du SRAS-CoV-2 serait 70 % plus transmissible que les souches qui prédominaient jusque-là.

Une nouvelle lignée du SRAS-CoV-2 portant plusieurs mutations semble se répandre rapidement dans certaines régions du Royaume-Uni, au point que plusieurs pays européens et le Canada ont suspendu leurs liaisons ferroviaires et aériennes avec ce pays. Que savons-nous au juste de cette lignée qui sème la panique ?

En quoi cette nouvelle lignée se distingue-t-elle  ?

Baptisée B.1.1.7, la nouvelle lignée qui prend de l’ampleur au Royaume-Uni comprend 23 mutations par rapport au virus séquencé en janvier 2020 à Wuhan soit un nombre anormalement élevé par rapport à ce qui a été observé jusqu’à maintenant. De ces 23 mutations, 14 ont entraîné le changement de 14 acides aminés composant les protéines du virus, ainsi que trois délétions, soit la disparition de nucléotides du génome du virus.

Les virus de cette lignée sont-ils vraiment plus contagieux ?

« Pour le moment, nous ne disposons que de données épidémiologiques indiquant que le nombre de cas infectés par [cette lignée] s’est accru rapidement au Royaume-Uni. Mais, en ce moment, il n’y a pas de preuves scientifiques qui montrent clairement que ce variant est devenu plus contagieux », affirme le Dr Don Vinh, microbiologiste-infectiologue au Centre universitaire de santé McGill (CUSM).

Néanmoins, les chercheurs du COVID-19 Genomics UK Consortium, qui ont dépisté cette nouvelle lignée, font remarquer que 3 des 17 mutations affectent des zones stratégiques de la fameuse protéine S (pour spike ou spicule) du virus qui reconnaît et s’attache aux récepteurs ACE2 présents à la surface des cellules du système respiratoire qu’il infecte. Une de ces mutations, dénommée N501Y, a induit la substitution d’un acide aminé dans le « domaine de liaison au récepteur », soit la zone plus restreinte où le spicule entre directement en contact avec le récepteur, qui sert de porte d’entrée dans les cellules. Or, des expériences de laboratoire suggèrent que cette mutation accroît l’affinité du virus pour les récepteurs ACE2 humains et ceux de la souris.

La nouvelle lignée comprend aussi la mutation P68H, qui est localisée à proximité du site de clivage de la protéine S, lequel clivage en sous-unités S1 et S2 permet à la membrane du virus de fusionner avec celle de la cellule.

« Les rapports publiés par le COVID-19 Genomics UK Consortium sont très préliminaires et datent de quelques jours à peine, néanmoins ils suggèrent fortement qu’il s’agit d’une lignée qui se transmet plus rapidement. Il n’y a pas eu d’expériences qui ont porté précisément sur des virus de cette lignée, mais les cas infectés par cette lignée semblent augmenter en fréquence plus rapidement que ceux contaminés par les autres lignées », affirme Jesse Shapiro, spécialiste de la génomique microbienne à l’Université McGill.

Le scientifique en chef du Royaume-Uni, Patrick Vallance, a affirmé que la nouvelle lignée serait 70 % plus transmissible que les souches qui prédominaient jusque-là. Et une modélisation indique que cette nouvelle lignée contribuerait à augmenter de 0,4 le taux de reproduction de base du virus (R0), soit le nombre moyen de personnes qu’un individu contaminé par la COVID-19 infecte. « Même si on ne dispose pas de données précises pour évaluer la qualité de ces estimations, les scientifiques qui les ont rendues publiques sont très compétents et respectés », commente M. Shapiro, avant d’ajouter qu’« il est préférable d’agir tout de suite selon le principe de précaution en instaurant des restrictions de voyage et un contrôle des frontières, et non pas d’attendre de confirmer le tout par des expériences qui peuvent prendre plusieurs mois. Comme c’est le même virus, le SRAS-CoV-2 que nous connaissons bien, nous n’aurons pas besoin de changer nos stratégies de santé publique. Mais cela servira de rappel quant à l’importance de bien les respecter ».

Où et comment cette lignée serait-elle apparue ?

Les premiers virus de la lignée B.1.1.1.7 ont été détectés le 20 septembre dernier chez une personne de la ville de Kent, dans le sud-est de l’Angleterre, et le 21 septembre chez un individu de l’agglomération londonienne.

Selon les scientifiques, des virus ayant accumulé un nombre aussi élevé de mutations auraient vraisemblablement émergé chez une personne immunodéprimée souffrant d’une infection chronique à la COVID-19 qui aurait été traitée avec le sérum riche en anticorps de personnes convalescentes. « Dans une telle personne, le virus a ainsi eu le temps d’évoluer pendant plusieurs mois et d’accumuler plusieurs mutations. En même temps, les traitements qu’elle a reçus ont exercé une forte pression de sélection qui a contribué à retenir certains variants plus adaptés », explique M. Shapiro.

A-t-on détecté cette nouvelle lignée au Québec ?

Le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) vient de vérifier les 6000 isolats de personnes infectées qui avaient été séquencés jusqu’à maintenant, et « aucun variant de cette lignée n’a été détecté parmi ces échantillons », affirme Sandrine Moreira, responsable de la génomique et de la bio-informatique au LSPQ.

« Nous discutons activement actuellement de comment nous allons mettre en place un système de surveillance qui va nous permettre de détecter ces variants si jamais ils arrivent sur le territoire. Aussi, nous allons séquencer d’autres échantillons que nous avons mis en banque depuis le mois de septembre afin de vérifier si des variants de cette lignée sont déjà présents sur le territoire, mais qu’on ne les aurait pas détectés, car il est possible que, parmi les échantillons que nous n’avons pas encore séquencés, certains appartiennent à cette lignée. Nous allons cibler et séquencer préférentiellement les échantillons de personnes qui reviennent d’un voyage en Europe », explique-t-elle.

 

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