Le virus responsable de la COVID-19 évolue en temps réel

Une équipe de chercheurs chinois affirme avoir identifié deux types de SRAS-CoV-2 qui se distinguent fondamentalement par deux nucléotides différents situés à deux endroits stratégiques du génome du coronavirus.
Photo: U.S. National Institutes of Health The Associated Press Une équipe de chercheurs chinois affirme avoir identifié deux types de SRAS-CoV-2 qui se distinguent fondamentalement par deux nucléotides différents situés à deux endroits stratégiques du génome du coronavirus.

Une étude chinoise vient de montrer que le nouveau coronavirus a subi des mutations et qu’il s’est différencié en un second type qui semble plus contagieux et plus agressif que celui d’origine. Pour le moment, les différences entre ces deux variantes sont minimes et ne compromettent pas les démarches en cours pour la mise au point d’un vaccin, affirment les experts.

Dans un article publié dans la National Science Review, une équipe de chercheurs chinois affirme avoir identifié deux types de SRAS-CoV-2 qui se distinguent fondamentalement par deux nucléotides différents situés à deux endroits stratégiques du génome du coronavirus. Les scientifiques ont fait cette découverte en analysant le génome de coronavirus prélevés sur 103 personnes souffrant de la COVID-19. Ils ont ainsi relevé l’existence d’un type S présent dans 30 % des échantillons et qui serait la version ancestrale du type L, qui est, quant à lui, beaucoup plus prévalent puisqu’il a été retrouvé dans 70 % des cas analysés. Selon les auteurs de l’article, cette distribution indique que « le type L se transmet ou se réplique plus rapidement que le type S », et qu’il est de ce fait « plus agressif ». Ils concluent qu’à l’heure actuelle, « il n’est pas clair si le type L est plus virulent que le type S ».

« C’est tout à fait normal pour un virus à ARN de muter. La transcriptase qui recopie l’ARN du virus lors de sa réplication fait des erreurs. Mais parfois, une mutation n’apporte aucun changement dans l’acide aminé qui est synthétisé. C’est ce qui est arrivé avec le virus du Nil occidental qui est apparu à New York en 1999. Maintenant, on peut différencier quatre grands groupes de ce virus [du Nil] un peu partout aux États-Unis et au Canada », affirme Hugues Charest, responsable du secteur de biologie moléculaire du Laboratoire de santé publique du Québec.

La découverte de deux types de SRAS-CoV-2 ne surprend pas non plus le professeur Raymond Tellier, du Centre universitaire de santé McGill. « On sait que, lorsqu’un virus vient de sauter de l’animal à l’humain, il n’est pas encore en équilibre dans son nouvel hôte, ce qui fait qu’il accumule des mutations rapidement pour vraisemblablement s’adapter à son nouvel hôte. Cela avait été observé au début de l’épidémie du SRAS : des mutations apparaissaient rapidement dans le même gène de l’enveloppe des virus prélevés sur des civettes palmées et des premiers cas humains. Ensuite, le virus s’était stabilisé sur une même formule qui s’était répandue à travers le monde », fait-il remarquer.

 

Le Dr Gaston De Serres, de l’Institut national de santé publique (INSPQ), explique qu’« il y a des pressions de sélection qui font que certaines mutations seront retenues si elles facilitent l’attachement du virus aux cellules humaines, car cela aidera le virus à persister et à devenir plus abondant. Pour le moment, on ne sait pas si les mutations que le virus a acquises lui donnent un avantage. Les scientifiques cherchent à le savoir ».

Les mutations survenues sur le SRAS-CoV-2 et qui ont contribué à la différenciation des types S et L affectent principalement les gènes responsables de la production des spicules à la surface du virus. « La protéine [des spicules] est importante, car elle est responsable de l’attachement du virus aux cellules cibles », souligne le Dr Tellier.

Lorsqu’un virus vient de sauter de l’animal à l’humain, il n’est pas encore en équilibre dans son nouvel hôte, ce qui fait qu’il accumule des mutations rapidement pour s’adapter

Si on a été infecté par l’un des deux types, sera-t-on immunisé contre le second ? « Les différences génomiques entre les deux types ne sont pas assez importantes pour qu’on puisse penser que l’infection par l’un des deux types ne confère pas une immunité contre l’autre type », affirme Hugues Charest.

« Remarquez bien que, si ces deux types continuaient de diverger, ce serait une autre histoire, poursuit le Dr Tellier. Ces travaux doivent être confirmés parce que, d’une part, il n’est pas entièrement clair que ces mutations-là produisent un changement dans la contagiosité ou dans l’attachement aux cellules et, d’autre part, on parle d’un petit nombre de mutations. Cela démontre par contre qu’il va falloir continuer à séquencer différents isolats du virus afin de surveiller l’apparition de mutations qui pourraient changer la donne. De nouveaux mutants pourraient avoir des comportements différents en matière de transmissibilité, de sévérité d’infection et d’évasion de la réponse immunitaire qui pourrait avoir une importance pour la mise au point de vaccin. »

Chose certaine, le coronavirus va continuer de muter. « Pour le moment, nous n’avons pas assez de données pour savoir à quelle fréquence il mute », précise M. Charest.

Pour l’instant, les différences entre les deux types de SRAS-CoV-2 ne devraient ni compliquer la mise au point de vaccin ni compromettre l’efficacité des tests de diagnostic, croient les experts.

Les tests de diagnostic qui ont été développés « regardent des régions où le potentiel de mutations est moindre afin qu’ils puissent fonctionner le plus longtemps possible », spécifie M. Charest.

Les démarches entreprises pour la conception d’un vaccin ne seront pas vouées à l’échec par un si petit nombre de mutations entre les deux types de SRAS-CoV-2, affirment les spécialistes. Le Dr De Serres rappelle que le vaccin de la rougeole qui a été développé en 1960 avec un virus atténué « fonctionne encore, alors que le virus de la rougeole a évolué depuis 60 ans ».