Les systèmes ont-ils failli à détecter le variant Omicron?

Le variant Omicron a déjà été détecté chez plus de 240 personnes de 20 pays et territoires sur le globe.
Photo: Gil Cohen-Magen Agence France-Presse Le variant Omicron a déjà été détecté chez plus de 240 personnes de 20 pays et territoires sur le globe.

À peine découvert, le variant Omicron a déjà été détecté chez plus de 240 personnes de 20 pays et territoires sur le globe. Les systèmes de détection mis au point depuis le début de la pandémie ont-ils failli à la tâche ? Guillaume Bourque, directeur de bio-informatique du Centre génomique de l’Université McGill, et Benoît Barbeau, infectiologue au Département des sciences biologiques de l’UQAM, répondent à nos questions.

Est-il trop tard pour bloquer l’arrivée du variant Omicron au Canada ?

Guillaume Bourque : C’est trop tard pour arrêter ce variant. L’objectif n’est plus de l’arrêter, mais d’en contrôler la progression pour donner le temps à la Santé publique d’ajuster ses politiques. C’est clair qu’avec des cas détectés dans autant de pays, il semble que la transmission communautaire était amorcée bien avant la détection de ce nouveau variant.

Benoît Barbeau : Une fois propagé dans une multitude de pays, il est trop tard. Ce n’est pas possible de barrer la route au variant Omicron, mais il est urgent de mesurer sa présence pour avoir une meilleure idée de sa prévalence ici. On sait qu’on fait face à un variant unique avec une trentaine de mutations, on ne doit pas s’étonner qu’il soit déjà répandu.

Comment Omicron, d’abord détecté en Afrique du Sud, a-t-il pu échapper aux systèmes de détection de dizaines de pays développés ?

B. B. : On peut dire qu’on est tombé dessus un peu par hasard. Car il y a une telle multitude de variants qu’avant de décider de se pencher sur l’un d’eux, il faut qu’il y ait une émergence soudaine de cas, comme celle observée en Afrique du Sud, pour le déceler. On ne peut alerter la planète à chaque nouvelle mutation. Ce sont des analyses rétrospectives qui permettent d’associer des recrudescences de cas aux particularités d’un variant. 

G.B. : La difficulté, c’est que la propagation d’un variant commence toujours sans qu’on ne le sache. L’alarme n’est sonnée que lorsqu’il y a suffisamment d’indices montrant qu’il s’agit d’un variant potentiellement problématique. Il peut s’écouler un délai entre l’événement de propagation et la détection du variant. Dans ce cas-ci, c’est clair que la propagation date d’un moment.

Comment expliquer qu’Omicron soit déjà dans 20 pays ? Va-t-on revivre le même scénario qu’avec le variant Delta ?

G.B. : Cette fois-ci, le signal d’alarme a été lancé plus rapidement que dans le cas du variant Delta. La situation est très différente, car une grande part de la population est vaccinée, et nos systèmes de détection ont été revus et sont beaucoup plus rapides qu’il y a un an. Le dilemme est toujours de crier au loup trop vite, ou alors de tarder à agir. L’analyse de l’impact du variant [sur le sérum de personnes vaccinées] nous dira bientôt si nous avions raison d’être préoccupés.

B. B. : On l’a détecté en Afrique du Sud, mais ce variant pourrait provenir d’ailleurs, d’un autre pays que celui où il a été détecté. C’est fort possible qu’il soit déjà présent au Canada, et c’est pourquoi il faut rechercher dès à présent sa présence dans des échantillons déjà prélevés au Québec.

Est-ce que la partie est perdue d’avance ?

G. B. : C’est difficile à dire, car nous sommes encore dans une zone grise quant à l’impact de ce variant sur l’immunité des personnes vaccinées et sur sa dangerosité. Si le variant entraîne une forme plus sévère de la maladie, on le saura rapidement. Mais si son incubation est longue et ses symptômes différents, ce sera plus long avant de mesurer le potentiel problématique de ce variant. On ne peut l’arrêter, mais on dispose d’outils importants pour le ralentir. Si on retarde de deux à trois semaines sa propagation au Canada, ça nous permettra d’apprendre d’autres pays et d’ajuster notre tir.

Comment pourrait-on ajuster le tir ?

G. B. : Il faudra adapter nos mesures de criblage et de séquençage. Mais cribler davantage ne sera pas suffisant. On pourrait manquer un nouveau variant ou une sous-souche. Il faudra séquencer plusieurs lignées pour savoir s’il y a eu une ou plusieurs sources d’introduction du variant au Canada. Nous avons déjà reçu les échantillons des deux premiers cas détectés [en Ontario]. Ça va nous donner l’empreinte digitale des cas introduits ici et permettre de savoir s’ils se rapprochent plus de ceux détectés en Europe ou de ceux décelés en Afrique du Sud.

B. B. : Il faudra déployer des efforts importants de séquençage. Car rien ne nous dit que d’autres variants ne nous tomberont pas dessus. Encore une fois, les failles de l’effort mondial de vaccination font en sorte que le virus trouve toujours une façon de muter pour se propager. Il nous causera des soucis tant que toute la population ne sera pas vaccinée.



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