Le Laboratoire de santé publique du Québec part à la chasse au variant

La souche britannique de coronavirus a maintenant été détectée chez une personne au Québec, mais quelle est la prévalence réelle de ce variant dans la population ? Pour le savoir, le Laboratoire de santé publique du Québec s’apprête à déployer un nouveau test. Les enjeux sont grands : au Royaume-Uni, on estime que le confinement actuel, déjà strict, ne pourra pas contenir le virus muté, qui constitue 60 % des nouveaux cas à Londres.

Même si elle ne mène pas à des formes plus graves de la COVID-19, la souche britannique est environ 56 % plus transmissible que les autres souches déjà en circulation, selon les calculs d’une équipe de la London School of Hygiene and Tropical Medicine publiés en ligne la semaine dernière. Pour empêcher l’épidémie de s’emballer, ils indiquaient que des mesures additionnelles de confinement devraient être considérées, comme la fermeture des écoles.

« C’est extrêmement inquiétant », juge Mathieu Maheu-Giroux, un épidémiologiste de l’Université McGill qui collabore avec l’Institut national d’excellence en santé et services sociaux (INESSS) pour produire chaque semaine la prévision des besoins hospitaliers dans la province. Si la souche britannique s’implante au Québec, dit-il, « toutes les mesures qu’on avait mises en place, qui aplatissaient la courbe depuis le début de l’automne, ne seront plus suffisantes ».

Les chercheurs de la London School ont estimé la transmissibilité de la nouvelle souche en observant la progression rapide de l’épidémie cet automne dans les régions où le variant B117 est relativement plus fréquent, comme le sud-est de l’Angleterre. Puisque les autres variables d’intérêt (à commencer par les déplacements mesurés par les téléphones mobiles) étaient inchangées, ils ont déduit que c’est le variant génétique du virus en circulation qui faisait la différence. Des arguments biologiques pointent également dans cette direction.

À l’échelle d’une population, un tel incrément de transmissibilité peut avoir des conséquences majeures sur le taux de reproduction effectif (R_t) du virus, c’est-à-dire sur le nombre de personnes infectées par chaque malade. Au Québec, depuis le 1^er octobre — le début des « zones rouges » —, R_t a oscillé entre 0,92 et 1,18. Selon les plus récentes données, il se situe à 1,07. Une augmentation de 56 % de la transmissibilité ferait par exemple passer R_t de 1,00 à 1,56. Une telle valeur n’a pas été vue depuis le 20 mars.

« C’est vraiment une course contre la montre pour vacciner, énonce le professeur Maheu-Giroux. Il faut immuniser les personnes vulnérables au maximum dans les prochains mois, parce que si la variante s’établit, elle va devenir dominante, car elle se transmet mieux, et puis les mesures sans vaccins ne seront pas suffisantes pour aplatir la courbe. »

Dépister la souche britannique

 

Après la confirmation d’un premier cas au Québec du variant britannique du coronavirus, le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) devait analyser mardi trois autres échantillons provenant de la famille du voyageur atteint. « On a trouvé juste une famille pour l’instant, mais je pense qu’il y en a d’autres. Combien ? Je ne sais pas, et je vous mentirais si je vous disais un chiffre », dit Michel Roger, le microbiologiste en chef du LSPQ.

Le laboratoire, qui relève de l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ), prépare actuellement sa campagne de dépistage du nouveau variant. Il développe un nouveau test PCR (réaction de polymérisation en chaîne) qui permet de détecter la souche. Plusieurs laboratoires de la province — ceux qui utilisent le « test maison » développé par l’institut et non un test commercial — pourront l’adopter et analyser une partie de leurs échantillons.

L’équipe du D^r Roger compte aussi rehausser la cadence du séquençage génétique des échantillons. Cette méthode permet non seulement de détecter la souche britannique, mais aussi toutes les autres versions mutées du coronavirus. Le variant anglais n’était pas présent dans les séquences analysées au Québec en décembre. Mais puisque celles-ci sont peu nombreuses (moins de 100), il est possible que le virus muté ait passé à travers les mailles du filet.

« Présentement au Canada, on fait le séquençage de près de 3 % des tests positifs, explique le D^r Roger. En Angleterre, ils sont à 5 %. J’aimerais qu’au Québec on se rende à 10 % de nos patients positifs. On aurait ainsi une très bonne couverture. »

Le Royaume-Uni a pu dépister rapidement la nouvelle souche circulant dans sa population grâce à un coup de chance : le test de dépistage de la COVID-19 qu’il utilise le plus, de marque Thermo Fisher, ne détecte pas l’un des trois gènes ciblés dans le SRAS-CoV-2 quand il s’agit du variant B117. Cette heureuse coïncidence ne réduit pas l’efficacité du dépistage conventionnel, mais permet une détection facile de la nouvelle souche.

Au Québec, environ cinq laboratoires utilisent le test Thermo Fisher, selon le D^r Roger. Ce n’est pas assez pour assurer une surveillance exhaustive du variant, mais c’est tout de même ce qui a permis à un responsable du laboratoire de l’hôpital juif de Montréal de trouver le premier cas, qui a ensuite été confirmé avec un séquençage génétique.

Au Canada, on arrive à peine à contrôler notre COVID en ce moment. Une augmentation de la transmissibilité du virus, même de 30 %, pourrait nous faire basculer dans le vide. 

— Caroline Colijn

Se peut-il que la souche britannique soit déjà bien présente au Canada et qu’elle soit même responsable de l’aggravation de l’épidémie qu’on observe au pays depuis quelques semaines ? Caroline Colijn, une épidémiologiste et mathématicienne de l’Université Simon Fraser, ne croit pas que c’est le cas. Si une majorité de cas étaient concernés, même une surveillance génomique imparfaite aurait détecté plus de cas, croit-elle.

M^me Colijn espère que les autorités arriveront à empêcher la propagation du nouveau variant au pays, même si elle n’est pas particulièrement optimiste. Sans quoi les conséquences seront désastreuses. « Au Canada, on arrive à peine à contrôler notre COVID en ce moment, se désole-t-elle. Une augmentation de la transmissibilité du virus, même de 30 %, pourrait nous faire basculer dans le vide. »