Quand le virus a-t-il commencé à circuler au Québec?

 

Des milliers d’échantillons récoltés au Québec des semaines avant que l’épidémie de COVID-19 ne commence à sévir seront testés pour savoir si le virus SRAS-CoV-2 circulait déjà dans la population fin 2019 et début 2020.

Ce projet de recherche sera lancé cet été par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ), grâce aux spécimens recueillis l’automne dernier et au début de l’hiver dans le cadre du programme régulier de surveillance de l’influenza. Ce programme, piloté depuis 15 ans par l’Institut national de santé publique du Québec (INSPQ), permettra aux chercheurs d’accéder aux échantillons congelés de milliers de patients ayant consulté pour des symptômes d’allure grippale dans des dizaines de groupes de médecine de famille (GMF) et cliniques à travers le Québec depuis octobre 2019.

« Grâce à ces échantillons prélevés avant la pandémie, nous allons pouvoir rechercher le virus et savoir si des individus étaient infectés dès décembre ou au début janvier avant que les premiers cas soient déclarés », a expliqué mardi au Devoir le Dr Hugues Charest, responsable du secteur de la biologie moléculaire au LSPQ.

Près de 1500 échantillons seront ainsi passés au crible pour tenter d’élucider une question qui turlupine plusieurs scientifiques depuis que des recherches menées dans d’autres pays ont démontré la présence de cas de COVID antérieurs à la date officielle du début de la pandémie.

En France, des recherches ont pu détecter un cas de COVID dès le 27 décembre — et l’on soupçonne même un autre d’avoir été diagnostiqué le 16 novembre — soit un mois avant les trois premiers cas officiels confirmés par test dans l’Hexagone le 24 janvier. Aux États-Unis, des chercheurs estiment que le virus circulait dès novembre ou décembre à New York, bien qu’un premier cas n’ait été confirmé que le 21 janvier dans l’État de Washington. En Chine, des experts en analyse génomique des souches du virus ont estimé que le SRAS-CoV-2 pourrait être apparu chez l’humain dès la fin du mois d’août.

Au Québec, un premier cas a été officiellement confirmé le 28 février, celui d’une Montréalaise de retour d’Iran, arrivée à bord d’un vol en provenance du Qatar.

Mais selon le Dr Charest, il se peut que des infections au virus SRAS-CoV-2 soient passées sous le radar en décembre et en janvier dans les hôpitaux et cliniques où des patients ont consulté pour des symptômes d’allure grippale. Alors que le Québec n’était pas encore en « alerte », des voyageurs infectés auraient pu revenir de destination où la COVID circulait déjà.

Selon le Dr Gaston de Serres, épidémiologiste à l’INSPQ, ces échantillons récoltés pour surveiller l’influenza sont très précieux. « C’est sûr qu’on risque de trouver des cas, même si ça risque d’être très peu », croit-il.

Le fait qu’une portion seulement des 1500 échantillons récoltés à l’échelle du Québec proviennent de la métropole, là où l’épidémie a frappé en premier et le plus fort, réduit cependant la possibilité de trouver plusieurs cas précoces. Ces échantillons excluent aussi d’emblée les patients atteints d’autres symptômes typiques de la COVID, notamment l’anosmie, les maux de tête ou les diarrhées, qui auraient pu consulter en clinique, ajoute le Dr De Serres.

« Depuis 15 ans, ce réseau de surveillance est précieux pour suivre l’influenza et vérifier l’efficacité du vaccin contre la grippe. Il l’est aussi pour surveiller l’émergence d’autres virus. Il y a quelques années, on a ainsi pu savoir qu’un entérovirus causant la paralysie chez les enfants était aussi présent chez les adultes, sans qu’ils n’aient pas symptômes », explique le Dr De Serres.

Un millier d’autres échantillons récoltés dans quatre hôpitaux de la province à Trois-Rivières, Québec, Rimouski et Chicoutimi, auprès de patients hospitalisés pour des complications associées à l’influenza seront aussi intégrés à ce projet de dépistage « prépandémie ». Le ministère a d’ailleurs demandé que la détection du SRAS-CoV-2 soit intégrée dès l’an prochain à ce programme ponctuel de surveillance de virus respiratoires en milieu hospitalier, explique le Dr Rodica Gilca, médecin-conseil à l’INSPQ.

La Colombie-Britannique, dotée d’un réseau sentinelle de médecins, a quant à elle déjà amorcé cette démarche et aura terminé d’ici quelques semaines le dépistage d’échantillons remontant à novembre 2019, a indiqué hier la Dre Danuta Skowronski, responsable de la surveillance de l’influenza et des pathogènes respiratoires émergents du BC Center for Disease Control. « Mais nous ne nous attendons pas à trouver beaucoup de cas, car la prévalence a été très faible ici ».

Selon le Dr Charest, du LSPQ, l’accalmie que commencent à connaître les laboratoires mis à contribution pour dépister la COVID permettra à ce projet de recherche de démarrer dès la fin de l’été.

« Les équipes, mobilisées depuis le début de la pandémie, sont fatiguées. Ça (ce projet) n’était pas une priorité. Mais là, le nombre de tests à analyser diminue chaque jour. Cette recherche va nous aider à mieux comprendre ce qui s’est passé au Québec, peut-être même à découvrir certaines particularités du virus qui nous échappent encore », dit-il.

Cette recherche vient s’ajouter à celle déjà entamée par d’autres chercheurs québécois associés à Genome Canada, pour compléter le séquençage génomique des échantillons de 50 000 patients déclarés positifs à la COVID depuis le 28 février. Un travail qui devrait à terme permettre d’en savoir plus sur les souches en circulation au Québec, sur leur contagiosité et donner des outils pour choisir le vaccin le plus approprié pour protéger la population.

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