Ennemies ou alliées, les bactéries?

On découvre l’ampleur des précieux services que les bactéries nous rendent.
Photo: Getty Images On découvre l’ampleur des précieux services que les bactéries nous rendent.

Les bactéries n’ont pas la meilleure des réputations. Chaque fois qu’elles font les manchettes, c’est pour parler de leur caractère dangereux ou de leur résistance à certains antibiotiques. Et si ces petits êtres microscopiques étaient des alliés plutôt que des ennemis dans nos vies ?

Depuis des siècles, les bactéries ont été désignées ennemi public numéro un. À tout prix et par tous les moyens, les scientifiques s’affairent à éliminer les plus dangereuses d’entre elles. En revanche, les récentes recherches sur le microbiote, c’est-à-dire l’ensemble des bactéries qui peuplent notre corps, ont redoré le blason de ces petits microbes. La science a permis de lever le voile sur les nombreux bienfaits qu’ils nous procurent.

Il reste qu’une centaine d’espèces sont réellement des ennemies et peuvent déclencher de très graves maladies. Il suffit de penser au choléra, à la tuberculose ou à la méningite, toutes des maladies causées par des bactéries pathogènes, donc susceptibles de créer une infection.

Toutefois, les bactéries n’ont pas de morale : elles ne suivent pas un code de conduite qui leur dicte d’être « bonnes » ou « mauvaises » pour un organisme. Elles sont simplement de grandes opportunistes. « Une bactérie peut être une alliée dans un environnement et devenir un pathogène dans un autre. Elle va simplement se diriger vers un lieu qui lui offre tout ce dont elle a besoin pour survivre », constate la chercheuse et infectiologue Emilia Liana Falcone.

Elle est bien placée pour le constater, elle qui travaille avec des patients qui composent avec un système immunitaire affaibli. « Une bactérie qui n’a aucun effet sur une personne en santé va profiter de la faiblesse immunitaire d’une personne pour s’installer dans son organisme et causer des infections », explique la directrice de l’unité de recherche sur le microbiome et les défenses mucosales de l’Institut de recherches cliniques de Montréal (IRCM).

Il est donc pratiquement impossible de classer ces petits êtres dans la catégorie allié ou ennemi.

Vivre sans bactéries : un rêve (im)possible ?

Les biologistes savent depuis plus d’un siècle que les bactéries participent à maintenir le corps humain en équilibre. Avant que le terme « microbiote » ne fasse son apparition au début des années 2000, on parlait alors de la flore bactérienne pour décrire les microbes qui nous colonisaient. « On avait une idée de ce qui se trouvait dans l’intestin, mais nous étions loin des milliers de bactéries que nous avons découvertes », note Emilia Liana Falcone.

Aujourd’hui, grâce aux nouvelles technologies, on découvre l’ampleur des précieux services qu’elles nous rendent, notamment en ce qui concerne la digestion et le développement de certaines maladies chroniques.

« Nous tirons beaucoup plus de bénéfices que de dommages des bactéries », rappelle Anne Maczulak, microbiologiste et auteure d’Alliées et ennemies. Comment le monde dépend des bactéries. « Elles sont des amies très puissantes et nous devons en prendre soin. De toute façon, nous n’arriverons jamais à les combattre et ça ne serait pas à notre avantage »

Notre tractus gastro-intestinal héberge entre 500 et 1000 espèces différentes. Les colonies varient d’ailleurs d’une personne à l’autre, selon notre génétique, nos habitudes alimentaires et bien d’autres facteurs que l’on découvre à peine. Ce sont elles qui décortiquent certains nutriments comme les fibres alimentaires, que notre système digestif ne peut métaboliser lui-même. Des études faites sur les animaux montrent même que des cochons d’Inde élevés dans des environnements stériles souffraient de malnutrition et mourraient à un très jeune âge.

Nous tirons beaucoup plus de bénéfices que de dommages des bactéries

Une exposition aux germes est aussi une excellente façon d’entraîner son système immunitaire à répondre aux attaques de pathogènes. Les enfants qui ont eu peu de contact avec ces micro-organismes auraient plus de chances de souffrir d’asthme ou d’allergies, selon une étude du New England Journal of Medicine.

De nouveaux médicaments

Si certaines personnes ne peuvent compter sur certaines colonies bactériennes bénéfiques, pourquoi ne pas en transplanter directement dans leur système digestif ? La meilleure façon de les récolter : à leur sortie, c’est-à-dire dans les selles… Une idée a priori dégoûtante, mais qui fait son chemin dans les laboratoires de la planète. La première transplantation fécale remonterait d’ailleurs au IVe siècle en Chine, où on l’utilisait pour des diarrhées sévères.

« Ce n’est pas très appétissant, admet la Dre Falcone. Bien des gens n’arrivent pas à se faire à l’idée de la transplantation fécale. Pourtant, c’est très prometteur, notamment pour les bactéries qui sont devenues résistantes aux antibiotiques comme le C. difficile » Dans des cas où les remèdes conventionnels ne fonctionnent plus, on note des taux de succès atteignant plus de 80 % à la suite d’une greffe fécale !

Ces dernières années, c’est la détermination des amies qui colonisent nos intestins qui a occupé les chercheurs. La prochaine étape consiste maintenant à comprendre le rôle de chacune et ses nombreuses interactions dans le corps humain.

Par la suite, il suffirait d’isoler celles qui sont bénéfiques pour une condition médicale donnée et de les transplanter d’un individu sain à un individu malade. La Dre Falcone estime que cela pourrait même devenir la prochaine grande classe de médicaments, celle basée sur le microbiote.

« Il y a de grandes avancées dans le domaine de l’oncologie où certains patients ayant un microbiote précis répondent mieux à certaines chimiothérapies. Des groupes de recherche s’affairent présentement à trouver quels sont les microbes derrière ce succès »