C’est la guerre entre les «phages» et les bactéries

Ce texte fait partie du cahier spécial Acfas

Officier de l’ordre du Canada, chercheur hautement cité, lauréat de médailles, Sylvain Moineau est toutefois particulièrement fier de son prix Acfas Léo-Pariseau : « C’est toujours agréable d’avoir des tapes dans le dos et, quand ça vient de nos collègues, c’est fantastique ! »

Depuis de nombreuses années, le scientifique travaille avec les bactéries, et plus particulièrement avec les ennemis des bactéries, les bactériophages, qu’on appelle amicalement les « phages ».

Les bactéries sont indispensables à la vie et ne sont pas toutes à exterminer. Par exemple, sans bactéries, pas de fromage ! Mais ces bactéries ont des ennemis ; des virus, dont le seul but est de les anéantir. Ce sont les fameux phages. Au fil des ans, Sylvain Moineau et ses équipes ont réussi à fabriquer des « ciseaux » qui permettent de tailler le génome de l’ennemi. C’est le célèbre CRISPR-Cas9. Dans la communauté scientifique, CRISPR a créé une véritable révolution puisqu’il permet de corriger des mutations génétiques qui sont à l’origine des maladies héréditaires et qu’il peut aussi rendre les cellules sanguines résistantes au VIH.

« On ne le réalise pas toujours, mais les phages sont les entités biologiques les plus abondantes de la planète », affirme le chercheur. Partout où il y a des bactéries, on trouve des phages, et ils jouent un important rôle dans l’équilibre des écosystèmes.

Récemment, les recherches de Sylvain Moineau l’ont amené à constater que les virus ont trouvé le moyen de contourner le système CRISPR : « On réalise que le système fonctionne très bien contre certains virus, mais qu’il est tout à fait inefficace contre d’autres. » C’est à l’aide de protéines que ces phages bloquent Cas9. « On est à étudier ces virus et on essaie de trouver d’autres mécanismes de défense », précise le chercheur, en ajoutant que « c’est une course à l’armement ! Les bactéries se défendent et les virus évoluent. On tente d’aller au-devant de l’évolution ». Pour y parvenir, l’équipe privilégie une approche intégrative, c’est-à-dire une combinaison de données de génomique, de transcriptomique, de protéomique et de biologie structurale.

Si, dans le domaine de l’alimentation, les phages deviennent les ennemis de la fermentation parce qu’ils tuent les bonnes bactéries, à l’inverse, dans le domaine médical, ce sont des amis puisqu’ils sont capables de décimer des bactéries nocives et pathogènes. Une thérapie par les phages pourrait être une solution de rechange aux antibiotiques. « C’est un tout nouveau champ d’études qu’on est en train de développer », conclut Sylvain Moineau.

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