La France lance un appel aux dons de selles

Les Français sont appelés à faire un don intime et à léguer leurs selles à la science afin d’élucider les mystères de leur microbiote.

Cet appel général aux dons de matières fécales a été lancé à la mi-septembre par l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) et par les hôpitaux de Paris.

Intitulé « Le French Gut », ce vaste et inusité chantier de recherche vise à recueillir 100 000 échantillons de matières fécales d’ici 2027 pour cartographier ce qui se trame dans les estomacs et scruter les liens entre le microbiote intestinal et l’évolution de certaines maladies courantes.

L’objectif ? Approfondir les connaissances sur le rôle des centaines de millions de bactéries qui peuplent les estomacs des enfants de la République dans l’espoir de développer des traitements personnalisés pour lutter contre les maladies de ce siècle, notamment le diabète, l’obésité, le cancer, les allergies et les maladies chroniques de l’intestin. Comment ? En faisant un petit pas vers le petit coin pour faire avancer la science d’un grand pas.

« On pensait que ça allait être un peu tabou. J’admets que c’est un geste peu courant, mais ça a été très bien reçu. En trois semaines, 15 000 personnes se sont inscrites », se réjouit le chercheur Joël Doré, directeur de recherche à l’INRAE.

« Une phase pilote est déjà en marche avec 3000 échantillons prélevés chez des personnes malades. L’enthousiasme est là, mais il faut aussi disposer de suffisamment d’équipes pour aller recueillir les autocollectes faites par les participants », précise-t-il.

Armés d’un bâtonnet fourni avec l’enveloppe de retour, les cobayes de ce projet national devront en sus répondre à une vingtaine de questions sur leur alimentation, leurs modes de vie et leur état de santé. « On voudra aussi savoir si les gens habitent la ville ou la campagne, s’ils sont nés de façon naturelle ou par césarienne. Nous avons même obtenu la possibilité de nous connecter au système national de santé pour connaître l’histoire médicale de nos participants et savoir notamment le nombre de fois où ils ont reçu des antibiotiques. On vise à déterminer s’il y a des facteurs prédictifs de maladies ou de bonne santé. Ces données vont ouvrir des possibilités infinies de recherche », dit avec enthousiasme le directeur de recherche à l’unité microbiologie de l’INRAE.

Cet appel s’inscrit dans le projet plus large Million Microbiome of Humans (MMHP), lancé en 2019 afin de créer une banque mondiale de données sur les microbiomes qui squattent notamment les intestins, la peau et la bouche de l’espèce humaine et d’en faire le séquençage génétique. La Suède, la Chine, le Danemark et la Lettonie participent déjà à cette initiative mondiale.

Exploration

Le French Gut limite ses recherches aux échantillons fécaux pour séquencer en intégralité le génome des myriades de bactéries, de levures, de champignons et d’autres organismes qui tapissent le système digestif des Français. La moitié des candidats recrutés seront en parfaite santé et l’autre moitié sera composée de personnes atteintes de diverses maladies ou de troubles intestinaux et neuropsychiatriques.

« Notre premier objectif est de voir s’il existe des signatures microbiennes qui seraient prédictives de certaines maladies. On sait déjà qu’il y avait des modifications du microbiote, par exemple, chez des personnes atteintes de troubles hépatiques ou d’autisme », explique Joël Doré. En neuropsychiatrie, des études ont notamment observé une altération du microbiote chez les personnes atteintes de troubles bipolaires ou de schizophrénie, dit-il. « Notre démarche consistera à voir si cela s’avère et s’il y a un lien de causalité entre les deux. »

D’autres expériences ont révélé que le transfert du microbiote de patients autistes à des souris en parfaite santé entraînait chez elles des comportements autistiques, explique Joël Doré. Dans un cadre expérimental, des chercheurs de l’Arizona ont quant à eux greffé du microbiote fécal sain à des enfants autistes, puis noté des effets bénéfiques sur leurs comportements sociaux.

À ce jour, toutefois, la greffe de microbiote fécal n’est autorisée que pour traiter les infections persistantes à la bactérie C. difficile. « Dans tous les autres contextes, cela est encore limité au cadre de la recherche », explique le chercheur, qui scrute l’impact du microbiote sur la réceptivité aux traitements de chimiothérapie chez les patients atteints de cancer du sang.

Profils multiples

Au pays de la diète méditerranéenne, que s’attend-on à déceler dans les estomacs ? « On prévoit observer une très grande variabilité des microbiotes, avec deux ou trois grands profils. Certains avec des microbiotes très riches et d’autres avec des microbiotes appauvris, plus à risque de développer certaines maladies », avance Joël Doré.

« Notre souhait, c’est que ces informations sur le microbiote deviennent un outil de la médecine de demain, pour mieux traiter certains patients et surtout mieux prévenir certaines maladies. »

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