Il a résisté au retour de Thibaut Pinot, qui a fléchi dans les derniers kilomètres.
Les Québécois Hugo Houle, Antoine Duchesne et Guillaume Boivin ont suivi aux 60e, 83e et 120e rangs, dans l’ordre.
Le maillot jaune a remporté une deuxième victoire de suite.
Vainqueur du Tour de France l’an dernier, le Slovène est arrivé jeudi avec sept minutes d’avance sur le Belge.
Le Belge Wout van Aert reste en jaune.
Il conserve son maillot jaune de leader avant d’attaquer les pavés de Paris-Roubaix.
Le coureur belge est autant un leader qu’un équipier fiable.
«Nous pensons que nous pouvons le battre», a fait savoir mercredi l’autre Slovène, Primoz Roglic.
Cavendish n’a pu assurer sa place, et Alaphilippe récupère de ses blessures.
Le Tour de France commencera vendredi à Copenhague par trois journées au Danemark.