Le Nobel de médecine au Suédois Svante Pääbo, chasseur de l’ADN préhistorique

Svante Pääbo, lors de la réception d’un prix scientifique à Oviedo, en Espagne, le 19 octobre 2018. Le Suédois n’était pas présent lors de l’annonce du prix Nobel de médecine lundi.
Miguel Riopa Agence France-Presse Svante Pääbo, lors de la réception d’un prix scientifique à Oviedo, en Espagne, le 19 octobre 2018. Le Suédois n’était pas présent lors de l’annonce du prix Nobel de médecine lundi.

Le prix Nobel de Médecine a couronné lundi le pionnier de la paléogénomique, le Suédois Svante Pääbo, pour le séquençage complet du génome de l’homme de Néandertal et la fondation de cette discipline qui remonte à l’ADN du fond des âges pour éclairer nos gènes d’aujourd’hui.

« En révélant les différences génétiques qui distinguent tous les humains vivants des hominidés disparus, ses découvertes ont donné la base à l’exploration de ce qui fait de nous, humains, des êtres aussi uniques », a salué le jury Nobel.

Grâce au séquençage d’un os retrouvé en Sibérie en 2008, il a également permis de révéler l’existence d’un autre homininé distinct et inconnu jusqu’alors, l’homme de Denisova, qui vivait dans l’actuelle Russie et en Asie.

Installé en Allemagne depuis des décennies — il travaille au prestigieux Institut Max-Planck pour la recherche fondamentale — Svante Pääbo a découvert en 2009 qu’un transfert de gènes de l’ordre de 2 % avait eu lieu entre ces homininés disparus, comme Néandertal, et l’Homo sapiens.

Ce flux ancien de gènes vers l’homme actuel a une pertinence physiologique aujourd’hui, par exemple en affectant la façon dont notre système immunitaire réagit aux infections.

Ses travaux avaient ainsi récemment montré que les malades de la COVID-19 portant un segment d’ADN de Néandertal — notamment en Europe, et plus notablement en Asie du Sud — hérité d’un croisement avec le génome humain il y a quelque 60 000 ans, sont plus à risques de complications sévères de la maladie.

« Les différences génétiques entre Homo Sapiens et nos plus proches parents aujourd’hui éteints étaient inconnues jusqu’à ce qu’elles soient identifiées grâce aux travaux de Pääbo », a salué le comité Nobel dans sa décision.

Le chercheur suédois a su surmonter les difficultés posées par la dégradation de l’ADN dans le temps : après des milliers d’années, seules des traces demeurent, de surcroît largement contaminées par des bactéries ou des traces humaines modernes.

Dans une entrevue à la Fondation Nobel, le paléogénéticien a raconté qu’il était « en train d’avaler sa dernière gorgée de thé » quand il a reçu le coup de téléphone de Stockholm.

« Je ne pensais pas vraiment que (mes découvertes) me qualifieraient pour un prix Nobel », a-t-il affirmé.

L’homme de Néandertal a cohabité un temps avec l’homme moderne en Europe avant de disparaître totalement il y environ 30 000 ans, supplanté par Sapiens, aux racines africaines.

« Les 40 000 dernières années sont assez uniques dans l’histoire de l’humanité puisque nous sommes la seule forme d’humain en vie. Avant cela il y avait presque tout le temps eu d’autres types d’humains », a souligné M. Pääbo jeudi.

Natif de Stockholm, il était considéré comme nobélisable depuis longtemps. Mais il avait disparu de la liste des favoris ces dernières années.

 

L’Institut Max-Planck s’est réjoui de son prix, saluant un travail « qui a révolutionné notre compréhension de l’évolution historique de l’humain moderne ».

Nobel et fils de Nobel

 

Svante Pääbo remporte seul ce Nobel scientifique, doté d’une récompense de 10 millions de couronnes (environ 1,2 million de dollars canadiens). Un exploit de plus en plus rare, le dernier Nobel de médecine pour un lauréat seul remontant par exemple à 2016.

La récompense ouvre une dynastie improbable : son père, Sune Bergström (1916-2004), avait également reçu le Nobel de médecine en 1982 pour avoir découvert des prostaglandines.

Il est en réalité le père naturel de Svante, qui avait expliqué publiquement en 2014 être le fruit secret d’une aventure extraconjugale, d’où leurs noms différents.

« Je ne l’ai vu qu’occasionnellement comme adulte », racontera Svante Pääbo dans ses mémoires L’Homme de Néandertal : à la recherche des génomes perdus.

Le millésime Nobel se poursuit à Stockholm mardi avec la physique et mercredi avec la chimie, avant les très attendus prix de littérature jeudi et de la paix vendredi, seule récompense décernée à Oslo. Le plus récent prix d’économie clôt le millésime lundi prochain.

L’an dernier, le prix de médecine était allé à deux Américains, David Julius et Ardem Patapoutian, pour leurs découvertes sur le fonctionnement du toucher.

Les Dénisoviens, un groupe humain archaïque encore mystérieux

 

Les Dénisoviens, dont le génome a pu être décrypté grâce à Svante Pääbo, sont les représentants d’un groupe d’humains asiatiques cousins des Néandertaliens qui ont laissé peu de traces de leur passage.

En 2008, un fragment vieux de 40 000 ans fut découvert dans la grotte de Denisova en Sibérie : un os de petit doigt contenant de l’ADN remarquablement bien préservé grâce aux conditions climatiques favorables.

De ce simple reste, Svante Pääbo et ses collègues de l’institut allemand Max-Planck identifient une nouvelle espèce d’homininés (qui désigne l’ensemble des lignées humaines), dont l’ADN était jusqu’ici inconnu, baptisé « Homme de Denisova ». La découverte fait sensation.

L’équipe met ensuite au point de nouvelles techniques d’extraction d’ADN et d’analyses plus sensibles, qui lui permettent de reconstituer un génome complet de l’espèce, en 2012. Suffisamment finement pour comprendre que les Dénisoviens étaient des cousins des Néandertaliens avec qui ils partageaient un ancêtre commun, dont ils se sont séparés il y a environ 400 000 ans.

La découverte d’un reste fossilisé d’une jeune fille née de leur union, dans la même grotte de Denisova, a prouvé que ces deux espèces archaïques s’étaient « hybridées », selon les termes employés par les paléontologues.

Mais si on sait que Néandertal a disparu de la surface de la Terre il y a environ 40 000 ans, on ignore à quel moment Denisova s’est éteint. Ni à quoi il pouvait ressembler, car il n’a laissé que de rares traces fossiles de son passage hormis ceux de la grotte sibérienne, et une mandibule trouvée sur le plateau tibétain en 2019.

Les travaux de Svante Pääbo ont néanmoins permis d’éclaircir encore le mystère, en mettant au jour un « flux de gènes » entre les Dénisoviens et Homo sapiens, grâce à des comparaisons avec des séquences d’humains contemporains, explique le comité Nobel dans un communiqué.

Autrement dit, avant de disparaître, Denisova s’est aussi métissé avec notre espèce, léguant une part de son ADN à des populations actuelles du sud-est asiatique et d’Océanie : Negritos des Philippines, Papous de Nouvelle-Guinée et Aborigènes d’Australie portent une grande proportion de génome Dénisovien — jusqu’à 6 %.

Les scientifiques en déduisent que les ancêtres modernes de ces populations mélanésiennes s’étaient métissées avec des Dénisoviens ayant peuplé l’Asie du Sud-Est — loin des montagnes froides de Sibérie ou du Tibet. Il manquait la preuve de leur présence dans cette partie du continent, qu’une étude publiée en mai dernier pense avoir trouvé, dans une grotte au Laos.

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