Découverte de nouvelles variations génétiques associées à trois types de cancers
Grâce à un effort international, il deviendra bientôt possible d’évaluer avec une plus grande précision le risque que courent une femme ou un homme de développer un cancer du sein, de l’ovaire ou de la prostate. Un consortium international de chercheurs, parmi lequel figure un scientifique de l’Université Laval, a identifié 74 nouvelles régions de l’ADN qui, lorsqu’elles présentent certaines variations particulières, prédisposent un peu plus à l’un de ces cancers. Ces importantes découvertes font l’objet d’une douzaine d’articles scientifiques qui sont publiés aujourd’hui dans Nature Genetics, PLoS Genetics et l’American Journal of Human Genetics.
Plus de 50 équipes provenant de 30 pays différents ont décidé de mettre en commun leurs échantillons d’ADN et leurs résultats d’analyse génotypique afin d’obtenir la puissance statistique requise pour mettre en évidence des loci génétiques (régions de l’ADN), où certaines variations dans la séquence des nucléotides augmentent le risque de développer un cancer, mais plus faiblement que ne le font des mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2 pour le cancer du sein. Le consortium COGS (Collaborative Oncological Gene-environment Study), coordonné par Douglas Easton de l’Université Cambridge en Angleterre, a ainsi pu avoir accès au profil génétique de 200 000 personnes. Soit dit en passant, plus de la moitié des 200 000 échantillons d’ADN recueillis ont été analysés à Montréal par les experts en génomique du Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill.
Il y a 20 ans, des chercheurs découvraient que des mutations affectant les gènes BRCA1 et BRCA2 prédisposent fortement au cancer du sein. Le chercheur Jacques Simard du Centre de recherche du CHU de Québec avait alors déterminé le patron de la mutation qui était présent au sein de la population canadienne. Ces mutations sont toutefois très rares : seulement une femme sur 500 en est porteuse, seules les femmes d’origine juive ashkénaze sont plus touchées, puisqu’une sur 40 en est porteuse. Mais leur impact est important, puisqu’une seule mutation qui abolit la fonction de l’un ou l’autre de ces deux gènes décuple le risque de développer un cancer du sein ; en d’autres termes, elle augmente le risque de 1000 %.
Il existe une deuxième catégorie de loci génétiques, dont les variations ont un effet intermédiaire, en ce sens qu’elles doublent, voire quadruplent globalement le risque de cancer du sein ; elles l’augmentent de 200 à 400 %. Les chercheurs reconnaissent aussi une troisième catégorie de loci génétiques, dont les variations sont beaucoup plus fréquentes dans la population — entre 5 à 50 % de la population féminine en serait porteuse —, mais qui accroissent le risque de souffrir d’un cancer du sein beaucoup moins fortement, soit de 5 à 30 %. Jusqu’à récemment, 27 variants de ce genre avaient été identifiés. Le COGS affirme aujourd’hui en avoir débusqué 49 nouveaux. Par exemple, on a découvert dans la région 11q13 des variations génétiques qui affectent l’expression du gène cycline D1 (CCND1), qui est reconnu pour son rôle clé dans la division cellulaire. Toutefois, la fonction de la plupart des loci nouvellement découverts demeure inconnue. Avec les nouvelles trouvailles annoncées aujourd’hui, on connaît aujourd’hui 76 régions génétiques, dont les formes particulières augmentent le risque de cancer du sein de 5 à 30 %. Pour le cancer de la prostate, les chercheurs connaissaient déjà 53 variants communs, et ils en ont dévoilé 23 nouveaux.
«Pour trouver des mutations très rares ou des variations qui sont fréquentes au sein de la population et qui augmentent plus faiblement le risque de cancer, il faut grossir les cohortes de participants, il faut multiplier le nombre d’analyses génotypiques. C’est par un regroupement de plusieurs équipes de chercheurs comme on vient de le faire qu’on peut y arriver», explique le vice-président des centres technologiques chez Génome Québec, Daniel Tessier, qui a coordonné l’ensemble des quelque 110 000 génotypages qui ont été effectués à Montréal. Ainsi, l’étude conduite par le COGS a également mis les chercheurs sur la piste d’une centaine d’autres loci suspects, qui n’ont pas encore atteint le fameux seuil les rendant significatifs, parce que le nombre de participants n’était pas suffisant et parce qu’ils entraînent un risque encore plus faible.
Ces résultats fraîchement publiés devront toutefois être validés sur un plus grand nombre d’individus avant qu’on puisse les utiliser pour la mise au point d’un modèle de prédiction du risque — que court une femme de développer un cancer du sein compte tenu de son patrimoine génétique. «Ce modèle devra intégrer les informations issues d’un test de profilage génétique, les facteurs de risque non génétiques connus, tels que le nombre d’enfants qu’a eu une femme, sa consommation de contraceptifs oraux, son âge à la puberté et à la ménopause et sa densité mammaire, ainsi que les informations cliniques pertinentes. Un tel modèle permettra de stratifier les femmes dans des groupes de risque. Les femmes dont le risque apparaîtra suffisamment élevé pourront se voir offrir un accès au programme de dépistage plus tôt, soit avant 50 ans, l’âge à partir duquel les femmes sont actuellement sollicitées pour participer au programme. Si on arrive à identifier un groupe de femmes dans la quarantaine qui courent un risque équivalent ou supérieur à celui des femmes dans la cinquantaine, on pourrait leur offrir l’accès au programme plus tôt», précise M. Simard avant d’ajouter que «plus de 20 % des cancers du sein sont détectés chez des femmes de moins de 50 ans, et ces cancers sont habituellement plus agressifs que chez les femmes plus âgées».
«Si on utilisait seulement les facteurs génétiques dont on dispose désormais, incluant les 49 variants nouvellement découverts, on pourrait identifier 5 % des femmes qui ont une chance sur 4 de développer un cancer du sein au cours de leur vie, alors que la plupart des femmes de la population générale ont une chance sur 8 de développer un cancer du sein au cours de leur vie. Si on ajoute les facteurs non génétiques, on identifiera 5 % des femmes qui ont une chance sur 3 de développer un cancer du sein», souligne le chercheur, qui est titulaire d’une chaire de recherche du Canada en oncogénétique.
Mercredi, Jacques Simard apprenait que Génome Canada accordait à son équipe de recherche une subvention de plus de 11 millions afin qu’elle mette au point au cours des quatre prochaines années un test génétique prédictif utilisable en clinique, des outils de communication pour informer les femmes et les professionnels de la santé, ainsi qu’un outil de simulation à l’intention des décideurs politiques pour les aider à déterminer les programmes de dépistage les plus appropriés en terme de coût et bénéfice. La subvention servira aussi à vérifier ultérieurement l’utilité et l’acceptabilité de ces outils dans le cadre d’études-pilotes.
Selon la Dre Jocelyne Chiquette, qui coordonne le programme de dépistage dans la région de la Capitale-Nationale, «de nombreuses femmes développent un cancer du sein sans que leur histoire familiale les y ait prédisposées, et parfois à un âge plus jeune que celui auquel on s’attendait. Ces cas s’expliquent probablement par d’autres gènes, peut-être ceux révélés par ces nouvelles études. On a décidé de mener le programme de dépistage auprès des femmes âgées de 50 à 69 ans, mais ces découvertes nous inciteront peut-être à l’offrir à des femmes plus jeunes qui présentent un risque plus élevé.»
«On parle beaucoup des limites, voire des inconvénients du dépistage. Si le test prédictif qui sera mis point avec ces nouveaux résultats nous révèle qu’une femme ne présente aucun risque génétique de développer un cancer du sein, elle pourrait débuter son dépistage plus tard, ou même décider de ne pas le faire. Par contre, une femme qui serait réticente à le suivre et qui aurait un risque génétique élevé comprendrait mieux l’importance de suivre le programme de dépistage, poursuit la médecin. Cet outil de prédiction incitera peut-être Québec à commencer le dépistage chez des femmes plus jeunes. L’Ontario offre de le commencer à 40 ans pour les femmes qui courent un plus grand risque. L’Angleterre réfléchit à la possibilité de procéder à un dépistage en fonction d’une stratification du risque, soit en tenant compte des risques encourus, au lieu de l’offrir en fonction de l’âge.»
Plus de 50 équipes provenant de 30 pays différents ont décidé de mettre en commun leurs échantillons d’ADN et leurs résultats d’analyse génotypique afin d’obtenir la puissance statistique requise pour mettre en évidence des loci génétiques (régions de l’ADN), où certaines variations dans la séquence des nucléotides augmentent le risque de développer un cancer, mais plus faiblement que ne le font des mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2 pour le cancer du sein. Le consortium COGS (Collaborative Oncological Gene-environment Study), coordonné par Douglas Easton de l’Université Cambridge en Angleterre, a ainsi pu avoir accès au profil génétique de 200 000 personnes. Soit dit en passant, plus de la moitié des 200 000 échantillons d’ADN recueillis ont été analysés à Montréal par les experts en génomique du Centre d’innovation Génome Québec et Université McGill.
Il y a 20 ans, des chercheurs découvraient que des mutations affectant les gènes BRCA1 et BRCA2 prédisposent fortement au cancer du sein. Le chercheur Jacques Simard du Centre de recherche du CHU de Québec avait alors déterminé le patron de la mutation qui était présent au sein de la population canadienne. Ces mutations sont toutefois très rares : seulement une femme sur 500 en est porteuse, seules les femmes d’origine juive ashkénaze sont plus touchées, puisqu’une sur 40 en est porteuse. Mais leur impact est important, puisqu’une seule mutation qui abolit la fonction de l’un ou l’autre de ces deux gènes décuple le risque de développer un cancer du sein ; en d’autres termes, elle augmente le risque de 1000 %.
Il existe une deuxième catégorie de loci génétiques, dont les variations ont un effet intermédiaire, en ce sens qu’elles doublent, voire quadruplent globalement le risque de cancer du sein ; elles l’augmentent de 200 à 400 %. Les chercheurs reconnaissent aussi une troisième catégorie de loci génétiques, dont les variations sont beaucoup plus fréquentes dans la population — entre 5 à 50 % de la population féminine en serait porteuse —, mais qui accroissent le risque de souffrir d’un cancer du sein beaucoup moins fortement, soit de 5 à 30 %. Jusqu’à récemment, 27 variants de ce genre avaient été identifiés. Le COGS affirme aujourd’hui en avoir débusqué 49 nouveaux. Par exemple, on a découvert dans la région 11q13 des variations génétiques qui affectent l’expression du gène cycline D1 (CCND1), qui est reconnu pour son rôle clé dans la division cellulaire. Toutefois, la fonction de la plupart des loci nouvellement découverts demeure inconnue. Avec les nouvelles trouvailles annoncées aujourd’hui, on connaît aujourd’hui 76 régions génétiques, dont les formes particulières augmentent le risque de cancer du sein de 5 à 30 %. Pour le cancer de la prostate, les chercheurs connaissaient déjà 53 variants communs, et ils en ont dévoilé 23 nouveaux.
«Pour trouver des mutations très rares ou des variations qui sont fréquentes au sein de la population et qui augmentent plus faiblement le risque de cancer, il faut grossir les cohortes de participants, il faut multiplier le nombre d’analyses génotypiques. C’est par un regroupement de plusieurs équipes de chercheurs comme on vient de le faire qu’on peut y arriver», explique le vice-président des centres technologiques chez Génome Québec, Daniel Tessier, qui a coordonné l’ensemble des quelque 110 000 génotypages qui ont été effectués à Montréal. Ainsi, l’étude conduite par le COGS a également mis les chercheurs sur la piste d’une centaine d’autres loci suspects, qui n’ont pas encore atteint le fameux seuil les rendant significatifs, parce que le nombre de participants n’était pas suffisant et parce qu’ils entraînent un risque encore plus faible.
Ces résultats fraîchement publiés devront toutefois être validés sur un plus grand nombre d’individus avant qu’on puisse les utiliser pour la mise au point d’un modèle de prédiction du risque — que court une femme de développer un cancer du sein compte tenu de son patrimoine génétique. «Ce modèle devra intégrer les informations issues d’un test de profilage génétique, les facteurs de risque non génétiques connus, tels que le nombre d’enfants qu’a eu une femme, sa consommation de contraceptifs oraux, son âge à la puberté et à la ménopause et sa densité mammaire, ainsi que les informations cliniques pertinentes. Un tel modèle permettra de stratifier les femmes dans des groupes de risque. Les femmes dont le risque apparaîtra suffisamment élevé pourront se voir offrir un accès au programme de dépistage plus tôt, soit avant 50 ans, l’âge à partir duquel les femmes sont actuellement sollicitées pour participer au programme. Si on arrive à identifier un groupe de femmes dans la quarantaine qui courent un risque équivalent ou supérieur à celui des femmes dans la cinquantaine, on pourrait leur offrir l’accès au programme plus tôt», précise M. Simard avant d’ajouter que «plus de 20 % des cancers du sein sont détectés chez des femmes de moins de 50 ans, et ces cancers sont habituellement plus agressifs que chez les femmes plus âgées».
«Si on utilisait seulement les facteurs génétiques dont on dispose désormais, incluant les 49 variants nouvellement découverts, on pourrait identifier 5 % des femmes qui ont une chance sur 4 de développer un cancer du sein au cours de leur vie, alors que la plupart des femmes de la population générale ont une chance sur 8 de développer un cancer du sein au cours de leur vie. Si on ajoute les facteurs non génétiques, on identifiera 5 % des femmes qui ont une chance sur 3 de développer un cancer du sein», souligne le chercheur, qui est titulaire d’une chaire de recherche du Canada en oncogénétique.
Mercredi, Jacques Simard apprenait que Génome Canada accordait à son équipe de recherche une subvention de plus de 11 millions afin qu’elle mette au point au cours des quatre prochaines années un test génétique prédictif utilisable en clinique, des outils de communication pour informer les femmes et les professionnels de la santé, ainsi qu’un outil de simulation à l’intention des décideurs politiques pour les aider à déterminer les programmes de dépistage les plus appropriés en terme de coût et bénéfice. La subvention servira aussi à vérifier ultérieurement l’utilité et l’acceptabilité de ces outils dans le cadre d’études-pilotes.
Selon la Dre Jocelyne Chiquette, qui coordonne le programme de dépistage dans la région de la Capitale-Nationale, «de nombreuses femmes développent un cancer du sein sans que leur histoire familiale les y ait prédisposées, et parfois à un âge plus jeune que celui auquel on s’attendait. Ces cas s’expliquent probablement par d’autres gènes, peut-être ceux révélés par ces nouvelles études. On a décidé de mener le programme de dépistage auprès des femmes âgées de 50 à 69 ans, mais ces découvertes nous inciteront peut-être à l’offrir à des femmes plus jeunes qui présentent un risque plus élevé.»
«On parle beaucoup des limites, voire des inconvénients du dépistage. Si le test prédictif qui sera mis point avec ces nouveaux résultats nous révèle qu’une femme ne présente aucun risque génétique de développer un cancer du sein, elle pourrait débuter son dépistage plus tard, ou même décider de ne pas le faire. Par contre, une femme qui serait réticente à le suivre et qui aurait un risque génétique élevé comprendrait mieux l’importance de suivre le programme de dépistage, poursuit la médecin. Cet outil de prédiction incitera peut-être Québec à commencer le dépistage chez des femmes plus jeunes. L’Ontario offre de le commencer à 40 ans pour les femmes qui courent un plus grand risque. L’Angleterre réfléchit à la possibilité de procéder à un dépistage en fonction d’une stratification du risque, soit en tenant compte des risques encourus, au lieu de l’offrir en fonction de l’âge.»
