La Fondation Lucie-et-André-Chagnon a été créée en 2000, lors de la vente de Vidéotron à Quebecor et à la Caisse de dépôt et de placement du Québec (CDPQ). Des 1,8 milliard de dollars ainsi obtenus par M. Chagnon, 1,4 ont été versés à sa fondation, ce qui en fait la plus grosse au Canada.

Outre les déductions fiscales habituelles, André Chagnon a pu bénéficier d'une modification sur mesure ayant été apportée à la loi fédérale sur l'impôt en 2002, qui lui a permis d'économiser 180 millions supplémentaires.

Dès sa création, la fondation avait suscité des critiques. Certains soutenaient qu'il s'agissait en fait de fonds publics, puisque la CDPQ a payé le fort prix pour les actions de Vidéotron, avant l'éclatement de la bulle technologique.

Autre sujet de polémique: une des premières actions de la Fondation a été d'acheter les restaurants Le Commensal. On arguait alors que Le Commensal avait une mission de lutte contre la pauvreté, puisqu'on y employait des personnes en réinsertion sociale. On projetait d'ouvrir des succursales dans les hôpitaux et les écoles, ce qui s'est concrétisé seulement à l'Institut de cardiologie.

«Disons que Le Commensal ne fait pas partie des principales stratégies aujourd'hui», reconnaît Jean-Marc Chouinard, vice-président de la Fondation, en confirmant qu'elle détient toujours des actions de l'entreprise.

La Fondation avait aussi soutenu les travaux de recherche sur le cancer réalisés par un certain Gaston Naessens, un homme controversé qui a été accusé de pratique illégale de la médecine.

Plutôt orientée à ses débuts vers la prévention en santé, la nutrition et les médecines alternatives, la Fondation a progressivement effectué un virage vers le développement des jeunes enfants. Sa mission officielle est aujourd'hui de «contribuer au développement et à l'amélioration de la santé par la prévention de la pauvreté et de la maladie, en agissant principalement auprès des enfants et de leurs parents», et elle se donne pour cible de «contribuer à la réussite éducative des jeunes Québécois, en agissant de manière accentuée auprès de ceux qui vivent en situation de pauvreté».