Selon le rapport du contrôleur de l’État, Micha Lindenstrauss, « il y a eu des manquements significatifs dans le processus de prise de décision, conduit par le premier ministre et sous sa responsabilité, sur la gestion » de cette flottille, menée par le navire turc Mavi Marmara, qui tentait de rallier la bande de Gaza gouvernée par le Hamas, sous blocus israélien. Dans ce document de 153 pages, il reproche à M. Nétanyahou de n’avoir pas mené de consultations approfondies et élargies avant de donner l’assaut, mais limité ses échanges à des entretiens avec les ministres de la Défense et des Affaires étrangères, Éhoud Barak et Avigdor Lieberman.