À la fin du film The Bourne Ultimatum, qu’on a cru à tort être le dernier volet d’une trilogie, l’agent secret Jason Bourne parvenait à détruire le programme ultrasecret dont il était l’un des cobayes tout en mettant à genoux ses anciens supérieurs. The Bourne Legacy rejoue ce dénouement en filigrane en présentant les péripéties concurrentes d’un autre agent issu du même programme ultrasecret : Aaron Cross. En plein entraînement en Alaska (qui comprend un combat à mains nues contre un loup !), Cross échappe de justesse à une tentative d’assassinat orchestrée par ses patrons à la CIA, désormais désireux d’effacer toute trace dudit programme ultrasecret. Il feint sa mort, voyage incognito, forge une alliance avec une scientifique qui a travaillé sans le savoir sur, vous avez deviné, le programme ultrasecret.