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La génomique microbienne a permis le développement de tests de diagnostic rapides

En 2020, chacun pourra diagnostiquer ses infections. Ce que vous venez de lire n'est pas l'incipit d'un roman de science-fiction, mais bien le thème qu'abordera dans ses détails les plus, disons... imperceptibles le Dr Michel G. Bergeron au congrès de l'Acfas. Il n'est donc peut-être pas si loin que cela le jour où le patient s'exclamera: «Eurêka! Eurêka!» Changement de paradigme? Eh comment...

Éminent infectiologue et microbiologiste de réputation internationale, le Dr Michel G. Bergeron a fondé en 1974 le Centre de recherche en infectiologie de l'université Laval (CRI), un centre qu'il dirige toujours. Le CRI est une véritable référence dans le domaine de la microbiologie et des maladies infectieuses à l'échelle mondiale. Ce lieu phare des savoirs scientifiques regroupe une équipe multidisciplinaire de près de 250 spécialistes formés en haute technologie, en provenance de 21 pays, ce qui représente le regroupement de chercheurs le plus important sur le plan des maladies infectieuses au Canada. L'utilisation de la génomique et de la protéomique est élevée au rang des priorités du CRI.

«En 1974, l'infectiologie n'existait pas au moment où j'ai fondé ce centre. La microbiologie, elle, existe depuis Pasteur, ce grand maître!», rappelle le Dr Bergeron, un spécialiste couvert de nombreuses distinctions et l'auteur de plus de 400 publications scientifiques. Ses travaux interdisciplinaires en infectiologie et en microbiologie ayant fait appel aux avancées de la génomique microbienne ont permis le développement de tests de diagnostic rapides grâce à l'identification de l'ADN des microbes, et ce, en moins d'une heure. Nous y sommes.

«En 1985, j'ai décidé d'orienter mes recherches sur le diagnostic rapide de microbes à base d'ADN, parce que la méthode pasteurienne utilisée jusque-là, soit la technique de culture bactérienne, ne permettait d'obtenir une réponse que 48 à 72 heures plus tard. J'ai donc décidé de m'attaquer à ce problème en misant sur l'accélération d'un diagnostic des infections par l'identification rapide des microbes. Et nous avons réussi à réduire ce temps à moins d'une heure, au lieu de deux jours! Cela concernait précisément l'identification du streptocoque du groupe B présent dans le vagin de 15 à 30 % des femmes au moment où elles vont accoucher», lance-t-il fièrement.

Recherches et avancées

Et les résultats de ses années de labeur dans ce domaine ont été consacrés par la publication d'un article, en l'an 2000, dans la vénérable revue scientifique qu'est le New England Journal of Medicine.

Toujours à la recherche d'avancées révolutionnaires, le Dr Bergeron vise désormais à mettre au point une technique permettant la détection rapide d'infections par le patient lui-même. Voilà déjà quelques années que son équipe y travaille. «Pour que les patients puissent se diagnostiquer dans leur maison, il faut miser sur la vitesse de détection. Il faut aussi simplifier la démarche parce que ça prend une certaine expertise, tout cela peut se faire rapidement, mais ça demeure tout de même complexe. En fait, on est à conceptualiser des cédéroms capables de lire l'ADN des cellules par le biais de systèmes microfluidiques et par la nanotechnologie.»

«En clair, dit-il, cela fait penser à un réseau de rivières et de lacs, les lacs servant de réservoirs liés à de petits canaux qui permettent de mobiliser les liquides. Et c'est ici où la nanotechnologie sert à préparer l'échantillon qui sera mis dans le disque compact. Cet échantillon clinique est préparé dans le disque grâce à des microbilles -- ce que je démontrerai d'ailleurs à l'Acfas -- qui brassent l'échantillon clinique, ce qui permet de briser les cellules pour y extraire l'ADN et ainsi de purifier l'ADN.»

Un laboratoire sur puces électroniques

Suivent d'autres étapes, précise-t-il. «Il s'agit ensuite de mettre en contact le matériel génétique qui permet de reconnaître les microbes se retrouvant dans les échantillons cliniques, pour ensuite passer à l'amplification et à la détection. Donc, au lieu de faire cela manuellement, c'est fait de manière automatique et en miniature. Au fond, c'est un laboratoire sur puces.» Cette recherche, note le Dr Bergeron, reçoit l'appui financier de Génome Canada, de Génome Québec et de l'Institut national canadien de la santé, notamment. «On est très bien subventionné, soit dit en passant.»

Cette technologie sera-t-elle disponible bientôt? «Écoutez, ça fait quatre ans qu'on y travaille. Je crois que dans trois ans on sera en mesure de commencer les premières études cliniques afin de tester sa viabilité. Mais le défi repose sur la technologie. Les premiers tests vont porter sur les infections virales des voies respiratoires, comme la grippe. Et, en l'an 2020, peut-être même avant, cette technologie devrait être disponible au patient qui pourra prendre un échantillon dans le nez ou le vagin, par exemple. Ce test rapide pourra aussi se faire dans le bureau du médecin, si le patient ne veut pas le faire lui-même. C'est tout un changement de paradigme qui s'annonce», fait remarquer le Dr Michel G. Bergeron.

- Michel G. Bergeron interviendra dans le colloque «De Mendel aux sciences "omiques"» le mardi 6 mai en avant-midi.